Bueno pues despues de varios meses, parece que se ha solucionado.
Efectivamente como sospechaba era problema de la carpeta EFS. Despues de restaurarla y reiniciar seguía mal, pero a partir de ahí parece que por ahora va bien. Desde anoche he probado cuatro veces a apagar y encender y por fin me aparece la ansiada pantalla para introducir el PIN. (toco madera para que siga igual)
Lo comento por si a alguien mas le ocurre.