Tienes que instalar la rom y las gapss siempre que actualices, a no ser que sea un fix, en tal caso normalmente no es necesario gapps( por no decir nunca)
Yo creo que si ya has instalado la rom sin gapps, no seria problema que las flashearas sin la rom. Si te surgen algun error, yo haria wipe cache y dalvik e instalaria rom y gaps de nuevo