No es nada relacionado con la rom, sino con el kernel, os explico mi caso:
Instalé la Jellybeer y me recomendaron el HydraCore como kernel. Cual fue mi sorpresa que al intentar darle permisos al Lucky Patcher, al Root Explorer o al Volume+ me salia una pancartita que en vez de dar permisos su, los cancelaba ("Tal app" se le han denegado los permisos de superusuario" incluso en apps que ya estaban en mi lista de app admitidas, ya que partia de cyanobeer).
A mi parecer, es un fallo (y gordo) del kernel...