El llamado "unsecure kernel" es usado por la mayoría de los kernels modificados, y se utiliza mayormente para tener más facilidades a la hora de utilizar las funciones del SDK de Android más comunes (ADB, Fastboot...), así como para los binarios de root.
Sobre el Zipalign tienes un buen post explicativo de nuestro compañero Pedroa:
http://www.htcmania.com/showpost.php...54&postcount=1
Es una optimización que afecta a los archivos que utilizan las aplicaciones, con lo que arrancan más rápido y consumen menos recursos.