Para que el whatsapp funcione correctamente tiene que estar siempre corriendo en background su aplicación y los datos en segundo plano activados. Algunos gestores de memoria cierran todas estas aplicaciones para ganar memoria, así que dejas de recibir mensajes.
A mi me pasó con el G-Alarm. Configuraba una alarma pero nunca funcionaba, hasta que descubrí que el Advanced task killer me cerraba la aplicación cuando quería. Bueno, en realidad la culpa fue mía por no incluirlo en la lista de aplicaciones que nunca debe cerrar.
Espero que tan sólo sea ese tu problema
Salu2.