Yo lo he hecho alguna vez con este programa...
http://www.avirecomp.com/news.php
Eso si, genera un avi (xvid) asi que tendrás luego que recodificarlo a mp4... al final puede ser un proceso bastante tedioso la verdad.
EDITO: Se me olvidaba comentar que estos programas trabajan con subtitulos en formato texto (ej. srt) asi que si partes de un DVD previamente tienes que "ripearlo" y extraer los subtítulos con un programa tipo SubRip... lo que hace el proceso aún muy tedioso en este caso.
Saludos