Suelen estar en carpetas con el nombre /data, ya sea /android/data, o /android/obb/data, o simplemente /data. Son procesos que suele llevar este tipo de nombre: com.google.android.maps (por ejemplo). Además, cada aplicación puede crear una carpeta propia en la raíz de la tarjeta para imágenes, caché, logs y cosas así. De todas formas, como te ha dicho josealke, no las muevas de sitio porque no funcionarán. Y si dices que te gusta tener los archivos y carpetas bien ordenados, sólo te digo: Bienvenido a Android
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Saludos!