Hola.
Cambié lo de las particiones como tú, no llegué a perder las particiones, pero me pasaban cosas extrañas, entre ellas que congelaba aplicaciones y después no las podía descongelar o parecía que una partición estaba casi vacía pero tenía 400 Mb. ocupados misteriosamente, etc...
Al final lo instalé todo de nuevo, pero lo tuve que intentar varias veces hasta que quedo limpio.
Saludos.