Vale, joder, es que la v3.9 tiene un bug de sintaxis ¬¬.
Digamos que como yo tenía ya el binario zip instalado permanentemente en mi sistema, podría lanzarlo sin especificar una ruta específica, ya que lo tenía en las rutas genéricas del sistema (system/bin) y siempre funcionaba. Y claro, el tema se aplicaba sin darme errores.
Pero como ese binario no suele venir con ninguna rom, la plantilla lo estaba llamando pero el sistema no lo encuentra en sus rutas genéricas, y ese es el fallo que seguro te está dando: no encuentra el binario zip en tu sistema, no reconstruye la apk corrupta y al aplicar el tema en vez de añadir sobre una apk preexistente, termina creando una nueva apk (ya que no puede sobrescribir algo que no existe) con solo los tres archivos del mod.
Ahora se apunta correctamente a la ruta del binario zip que se incluye en la plantilla y funciona sin problemas.
TIENE QUE FUNCIONAR POR MI C*****S (hablando mal y pronto) XD
Universal Flasher Tool v4.0
http://db.tt/jKVbTTvm
@nachomagic, cuando puedas prueba con esta plantilla a ver si ahora se aplica bien el Settings de las narices