Raro raro pq el tema de root que se perdía en updates esta más que solventado.
Abre el superuser una vez y listo. Quizás no se te generase bien su cache. Sales y prueba abrir una app que necesite root a ver si ya le concede permisos. Eso es pq en resumidas el superuser se ataca. Pero tu caso es puntual. La v1.1 se probo con roms distintas y bootloaders abiertos y cerrados y no dio problemas a nadie. Y la v1.2 es igual pero con mas apps...nada raro.
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