Básicamente viene a decir que no hagas un wipe después de una actualización.
Según parece, muchas veces al actualizar (sobre todo si usamos app2sd) android recrea el fichero /data/system/packages.xml puesto que cree que hemos reinstalado todas nuestras aplicaciones. El resultado son apliaciones que desaparecen, force closes, etc puesto que las UIDS han cambiado y no coinciden con lo que hay en el directorio /data/data. Se suele corregir con un wipe, pero es muy desaconsejable.
Descargando el fichero que pone cyanogen en su post original (Que no has puesto el enlace franmachava), colocandolo en la tarjeta SD y haciendo un:
su, y luego run “sh /sdcard/fix_permissions.sh”
debería ser suficiente sin hacer un wipe.
Supongo que viendo el fichero y lo que hace podría darte algo más de información.
PD: mirando en xda-developers el enlace al script no funciona y no lo veo por ningún otro lado
