Eso es imposible de solucionar día de hoy, si las apk está firmada, al inyectarle archivos la firma se pierde. Y el sistema, como ya tiene registrada la firma, no reconoce la apk sin firmar.
Me sorprende que la gente siga firmando las apks o las rom, algo que solo tiene sentido para apps del market, y encima seguro que lo están con las testkeys del apkmanager.
Lo suyo es comentárselo al cocinero para que deje de firmar las apk y la rom en general y permitir a los usuarios modificar las apks libremente con métodos sencillos.
