Probar con esta versión
http://db.tt/lRufOfRp . Se ha añadido un método extra y cuando detecta los problemas de compatibilidad antes mencionados de 7z con algunos zips/apk, se lanza el binario zip y se descomprime-crecomprime la apk dejándola perfectamente construida sin errores de integridad.
He probado con tu Settings.apk y tres apks "no compatibles" que tenía guardadas (todas con exáctamente el mismo error en los test de integridad) y se aplica el tema sin errores.
En estos casos implicará unos segundos extra de aplicación pero se muestra en el log que se está intentado reparar la apk.
