El SUPERUSER PERMISSION sirve solo para las aplicaciones que necesitan permisos de Root. Cuando ejecutes por primera vez una aplicacion para Root (por ejemplo, Bluex), te abrira es Superuser y te pedira permiso para ejecutarlo (podras ponerle que lo permita/deniegue una vez o permita/deniegue siempre).
Si permites siempre la ejecucion del programa en cuestion (en el caso del ej. Bluex) nunca mas te pedira confirmacion y funcionara siempre como cualquier otro programa que no necesite permisos de Root.
Una vez que hayas dado los permisos correspondientes, al abrir el programa te saldra una lista con los programas autorizados. Si pinchas en la linea que sale de autorizados, anularas los permisos y la proxima vez que inicies (en este caso Bluex) te volvera a pedir la confirmacion.
En resumen, que una vez que des permisos a un programa, te aparecera en la lista del Superuser y si pulsas en la lista que se va haciendo, borrara los permisos.