Una disculpa por leer tan tarde el post pero tengo algunas respuestas que si ya no te sirven a tí, tal vez despues a alguien mas. De entrada no conozco link2sd porque simplemente he postergado particionar la memoria ya que tengo una de 16gb con 1gbl libre, asi que unicamente por pereza de mover todo no la he usado.
Si tengo apps2sd, app2sd enabler y permiso de root. Llegando al mismo punto donde aplicaciones "criticas" no se pueden mover del telefono te puedo mencionar que lamentablemente es verdad y no las puedes mover. Pero hay un par de trucos para aprovechar mejor la memoria interna.
De entrada eliminar aplicaciones del sistema en /system/app que lo "facil" seria quitar la basura de las operadoras y los demos o aplicaciones de la marca del cel que nunca usamos, pero tambien se pueden eliminar las aplicaciones por default que trae el telefono y que una vez que las actualizas se queda la app vieja en sistema por si decides regresar a esa version. Te explico rapidamente: todos los android traen youtube, gmail, maps, market y algunas mas, y las traen en esa carpeta con nombre muy genericos como maps.apk youtube.apk y asi. Cuando te conectas a la tienda y actualizas estas aplicaciones las nuevas versiones se instalan en /data/app, dejando la primera version en /system/app de donde nunca la borrará por si desintalas actualizaciones o simplemente le haces un borrado general al telefono. Ademas en la carpeta /data/dalvik-cache cada aplicacion crea su propio archivo .dex por lo que tienes 4 archivos para cada aplicacion de estas.
Si quieres ahorrar espacio puedes eliminar la aplicacion "vieja" de /system/app y despues su asociado en /data/dalvik-cache cuyo nombre es mas o menos así: system@app@(mismo nombre del archivo APK)@classes.dex .Al hacer esto puedes tener problemas si decides regresar a versiones anteriores o si tu actualizacion falla y ya no podrias utilizar aplicaciones por default como el launcher que venia con tu telefono, por esto es que dicen que podrias descomponer el sistema y no se arreglaria con un borrado general o regresarlo al estado de fabrica, solamente se arreglaria con un flash completo.
Espero me hayas entendido y todo es cuestion de revisar varias veces los nombres de cada archivo antes de hacerlo, incluso ANTES de eliminarlos copialos a la tarjeta de memoria para que tengas un respaldo. Tambien podrias hacer la copia y luego renombrarlos en lugar de borrarlos y si el sistema sigue estable y o te da problemas mientras usas tus aplicaciones normalmente ya podrias borrarlos. Tambien es muy importante que revises los permisos que tiene cada aplicacion antes de moverla o eliminarla, por si decides regresarla al telefono debe tener los mismos permisos ya que cambian al pasarlas por la tarjeta de memoria.