Creo que lo del orden no influye, lo que si influye es que todas sean primarias.
Ya que el mismo celular te detectara la Ext3 para guardas las app y lo mismo pasaria si se utilizara swap en la Rom.
Si el Windows no te reconoce nada con el pendrive debe ser por que la particion Fat32 no tiene Label(Letra asignada) esto se lo puedes colocar con el Paragon PM, pero solo a la FAt32. A mi ya me paso

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Las otras particiones no te las reconocera windows al menos que instales algunos drivers necesarios, ya que estas son exclusivas de Linux. asi que es normal que no las veas.
Saludos
