hey xurifuri ya encontre la manera de cambiar los temas, mirando los logs en el logcat he visto que daba algun error al intentar crear una carpeta al aplicar el tema, la carpeta en cuestion es /data/system/theme. Si la creas manualmente despues ya funciona perfectamente. Yo lo hice desde el ordenador con el adb, pero puedes hacerlo tambien desde una terminal en el propio telefono. El comando para crear la carpeta es este "/system/xbin/busybox mkdir /data/system/theme" sin comillas. Lo ideal seria aņadirlo a algun script de los que se ejecutan cuando se enciende el movil, o mejor aun en el de instalacion, ya que no es necesario hacerlo cada vez que se enciende, con hacerlo una vez al instalarlo ya esta.