En uno de tus mensajes anteriores comentaste que habías utilizado el script
app mover. Si es así, se supone que antes de actualizar tienes que ejecutar el script que hace la copia de seguridad (AppBackup.zip), flashear la nueva rom y posteriormente ejecutar el script que restaura dicha copia de seguridad (AppRestore.zip).
La cosa es que este script mueve tus apps a la partición donde se encuentra system.
Lo bueno es que no se pierde rendimiento y se gana mucho espacio. Lo malo es que esa partición se formatea cada vez que actualizas la rom, por lo que es obligatorio andar con la copia de seguridad a vueltas.
Cuando dices que no te borró absolutamente todas las apps, me imagino que es porque algunas se instalan automáticamente en la tarjeta (típicos juegos pesados) y esas deben haber sobrevivido al desastre de app mover.