Flash
tool precisamente es lo que es: Una Herramienta multiusos! No solo podemos Flashear firmwares, también los podemos crear, hacer respaldos,cambiar el bootloader y algunas cosas mas. Este tutorial es de un proceso muy sencillo: Instalar apps con Flashtool.
Requisitos:
*Root
*Habilitar el modo de depuración USB (USB debugging)
*Tener las aplicaciones en formato
.apk

Este es C:, es donde por default se instala Flashtool

Nos vamos a custom

Y dentro de apps debemos poner las aplicaciones que vamos a instalar

Por ejemplo voy a instalar ES File Explorer, es la unica app en la carpeta
Cerramos la carpeta y abrimos Flashtool y conectamos el Xperia con el modo de depuración USB activado

Click en el Icono que indica la flecha roja, abrirá una ventana

Esta ventana nos da a conocer que apps seran instaladas. Flashtool instalara todas, no es posible escoger cuales si o cuales no. Click en OK y empieza el proceso!

El proceso puede durar unos segundos o varios minutos dependiendo el tamaño y numero de aplicaciones. Al final aparecerá un mensaje de que la instalacion ha terminado y ya podemos desconectar el Xperia.
Algunas apps no pueden ser instaladas y no se por que, como TrackID no puede ser instalada con este método.