Lo que está claro es que el TCPMP si soporta los FLV (no es una cuestión de la HTC HD), se me ocurre dos posibles razones... o no has instalado la versión adecuada o esos videos tienen una codificación rara (que me extraña)...
Prueba esta versión...
http://www.htcmania.com/showthread.php?t=51241
Y si puedes poner algún ejemplo de fichero que no puedes reproducir lo puedo mirar.
Saludos