yo en tu lugar me olvidaría del backup y flashearía por Odin, haz todos los Wipes (incluido el factory reset), desde el recovery también creo que puedes hacer format /system y mira a ver si así te funciona. Lo que tengas en la SD (fotos, música, documentos, etc.) no se te borrará, y luego podrás volver a descargarte las apps y dejarte la configuración como la tenías, aunque te lleve su tiempo...
En cuanto a la causa no sabría decirte, pero parece que tienes datos corruptos en la carpeta /system, igual alguien te puede ayudar más
Saludos