El tema esta en que si tu has formateado la tarjeta así sera porque estas instalando las aplicaciones en la tarjeta, en principio el teléfono no va a echar nada en falta o no debería, pero si tenias aplicaciones instaladas en la otra tarjeta no las tendrás. De todas maneras creo que hay programas para windows que permiten leer particiones ext2, por lo que podrás pasar lo que tengas de una tarjeta a otra (lo que haya en la partición fat es fácil).