Normalmente es porque no se instala desde la pda, se ejecutan desde el PC y a través del activesync se sincroniza con la pda y se instalan ahí. Fíjate en la extensión del programa. Si es .cab, va a la pda y si es .exe, normalmente va desde el PC (también existen .exes que se pegan directamente en la pda y se ejecutan sin instalar).