No se recomienda, pero hay muchos usuarios que lo han hecho y parece que no hay problema. Busca en este hilo y en el otro de cm10 "Titanium Backup" y verás los comentarios de la gente.
Yo creo que piden que no se use para poder "encontrar" mejor los errores de la rom y no mezclarlos con los de esa app. Al igual que piden no usar otro kernel. Si uno tiene un error en una app, pero la ha restaurado del titanium y tiene otro kernel... pues no le van a dar soporte, ya que puede que el error no sea de la rom.