He encontrado la causa de que la tarjeta microSD no apareciese en el explorador de Windows: configurar el Internet Explorer para que la cache, historial, etc, se guarde en la microSD en lugar de en la memoria principal.
Ha sido cambiar esas tres rutas en el programa "Advanced config", reiniciar, y ahí estaba la tarjeta (tras un par de resets para eliminar la carpeta que se había creado con nombre "Tarjeta de expansión").
Esta configuración del IE la había aplicado instalando un CAB que hay para tal efecto. El mismo cab lo había instalado en la ROM oficial Win6.0 de HTC y nunca había dado problemas. Quizás queráis investigar un poco más este problema con esta ROM.
Yo pienso que el IE crea esos directorios antes de que se monte la SD, durante el inicio de la máquina. Luego cuando se intenta montar la tarjeta en el sistema de archivos, ve que la ruta ya existe (la ha creado el IE) y por eso no se monta.