Yo uso el script
S2E sobre una partición EXT3 y me va perfecto, lo instalo despues de instalar el zip de las GAPPS, osea, instalo la rom, hago wipe data/factory reset, instalo las GAPPS y después el ZIP de S2E y renicio, en cuanto meto mi cuenta de google e instalo la aplicación S2E bajada del Market, activo todas las casillas y reinicio, a partir de ese paso todo se instala en la partición EXT3, tengo una de 512 y nunca la e llenado y eso que instalo aplicaciones a patadas XD