Si somos correctos hablando no puedes quitar el TW porque tiene algunos archivos que son los que configuran la UI y alguna otra cosa que si quitas todo el TW necesitarias reescribir todos esos archivos, en XDA ahi un post para poner el launcher del CM9 reemplazando al de TW y ahi puedes ver los archivos que ahi que modificar.
Por otro lado aunque en el Titanium congeles el inicio TouchWiz 4.0.4 habra veces que seguiras viendo el wallpaper que tenian puesto en el, lo que demuestra que no se ha quitado del todo.