Yo no le veo ninguna desventaja, ya que siempre puedes volver a dejar el movil como estaba con flashear a una rom stock.
Y ventajas bastantes, las que me vienen a la cabeza por ahora, son instalar custom roms que mejoran mucho el rendimiento del movil, congelar aplicaciones inútiles que nunca se usan y solo gastan ram. Mods, etc.