Pues mira, no se la verdad...supongo que con wipe en cache y Dalvik, volvera a pedirte donde, pero como se desactiva no lo sé.
Pero si el problema es que ahora tienes algo en la SD que lo quieres colocar de tono y no puedes, si que se puede....
con rootxplorer, te vas a System\media. y alli tienes los directorios de Ringtones y Notifications.
Mete los archivos que quieras que te salgan en la Rom y dale los mismos permisos, que los que ya están allí. Reinicias el terminal y ya los tienes puestos en el cajon de Tonos de la rom....
Espero haberme explicado....y te ahoras los wipes
Un saludo.