Interesante... por lo que he podido ver, todos los automatismos involucran a ant (lo cual implica decirle adiós a la generación automágica de apks por parte del plugin de Android).
Con las tareas de ant configuradas ya sí puedes hacerle perrerías, como meter el preprocesador de CPP en medio. Aunque entonces la corrección automática de Eclipse supongo que tendrías que desactivarla.
He encontrado un plugin sencillo para eclipse que lo llama "configurador de versiones"
http://prebop.sourceforge.net , también requiere ant, pero las directivas de compilación van en comentarios y no habrá problema al usar el corrector de Eclipse.
Otra opción que se me ocurre, de nuevo con ant, es que si lo único que tienes que hacer es cambiar el nombre del import de R, uses la tarea
Replace de ant antes de compilar. Esa tarea se encarga de buscar cierto texto en los ficheros y cambiarlo. Creo que sería lo más fácil.