Hay aplicaciones que guardan los contactos, configuración y demás. Se llama "Mybackup". Es de pago en el market, pero creo que tiene versión de prueba de 30 días. Puedes usarla para hacer el upgrade y luego ya decides si la quieres comprar o no.
Yo personalmente no lo haría. Prefiero hacer un Wipe e instalar todo desde 0, ya que la nueva rom tiene muchos cambios importantes, y la caché de los programas podría hacerlos no funcionar en la nueva release. Aún así, si usas la rom "limpia" de HTC, también tienes que hacer wipe...
Lo dicho, a limpiar toca. Es preferible para ahorrarse problemas. Guardate SMS y contactos al PC y las aplicaciones las reinstalas cuando actualices y listo.
Un saludo,