Ha pasado que no se hace así.
Yo llevo tiempo peleandome y lo que creo que hay que hacer es partir de un update.zip. Vacio o no y es allí donde sustituyes el framework-res o lo que quieras y después lo que tienes que hacer es firmar el update.zip
Entonces lo metes en la SD y lo cargas como si se tratara de una ROM. Lo que hará será cambiar todo lo que contenga el update.zip no modificará nada más.