Los archivos .nomedia, sirven para que el teléfono no busque ningún archivo multimedia, ya sean fotos canciones ect... Por eso en la carpeta donde este el archivo .nomedia no aparecerán los archivos en la galería. Solo podréis acceder a ellos desde un explorador de archivos.
No se si me he explicado bien. Es una tontería no hay que preocuparse.