Yo llevo casi dos años usando Endomondo, y salvo algún caso anecdótico jamás me ha dado problemas, considerándolo el mejor que hay por encima de MiCoach, Runkeeper y un buen montón más.
El problema es que te has lanzado a correr sin que el programa hubiera conseguido señal GPS, y por eso sólo ha registrado el tiempo, ya que sin GPS no puede calcular la distancia, velocidad y demás. Debes esperar a que te aparezca el mensaje "GPS listo" y la señal del GPS del móvil deje de parpadear.
Seguramente ha sido porque has corrido en ciudad, rodeado de edificios. Ten en cuenta que la señal GPS viene "del cielo", y por tanto, cuanto más a cielo abierto estés más rápido pillarás señal.
Si te sirven datos míos, esta mañana al ir a bucear en el barco a mar abierto la recepción de señal ha sido instantánea. Cuando salgo a hacer senderismo salvo que esté metido en grietas montañosas la recepción rara vez me tarda más de un minuto. Y en cambio en ciudad pese a que cargo en una plaza más o menos abierta, raro es el día que tarda menos de 2 minutos en coger señal, no siendo raro que me tarde más e incluso algún día ha tardado tanto que me he hartado y me he ido a hacer ejercicio sin esperar la señal.
Las antenas GPS de los móviles son bastante malillas, así que no esperes que tengan la recepción y calidad de aparatos específicos como los relojes GPS para hacer ejercicio o los propios GPS de senderismo (yo tengo ambos y te garantizo que la diferencia con respecto al móvil es abismal, aunque lógicamente el GPS del móvil viene gratis con el mismo y en algunos casos resulta más cómodo).