Yo creo que también forman parte de la pantalla. O mejor dicho, usan el mismo sistema que la pantalla, vamos que son botones capacitivos. Si cambiando de ROM no se arregla supongo que podría ser un fallo de hardware, aunque suena raro.
Más que meter los botones del Galaxy Nexus, es decir, poner los botones en la pantalla propiamente dicha, con lo que perderías un trozo de pantalla. Quizá haya alguna app o alguna ROM que te permita cambiar las funciones de los botones y así podrías apañarte.