Para hacerlo así, solo lo que son las aplicaciones veo muchísimo mas sencillo usar Airdroid, que además de servir para transferencia de archivos al pc vía wifi, permite también descargar las aplicaciones que tengas (o instalar del pc hacia android). Una vez que hayas terminado, cierras airdroid y listo. Sin root!, y como es muy útil de todos modos, podemos aprovechar para algún otro trasvase de datos.
Siendo root, si vamos a realizar copias de seguridad con frecuencia o queremos tener diferentes versiones de las aplicaciones (todas o de alguna solo) también veo mucho mejor alternativas como TitaniumBackup, Sistem Tuner o del estilo, que si copian los datos de aplicación (como opción).
Edit: se me olvidaba. Y por supuesto, lo mejor (siendo root) es hacer una copia de la rom enterita, que podemos aprovechar también para desde TB (y puede que también algún otro) recuperar aplicaciones sueltas de una copia de seguridad de rom.
Saludos.