Cyanogenmod es un equipo de desarrollo que trata de adaptar versiones de Android de un dispositivo, para otros que no disponen de esa actualización. Las versiones estables ya han sido sometidas a pruebas para eliminar la mayoría de los bugs que pueden tener.
Esta versión 9.0, corresponde a la versión ICS, y después de esta viene la 10, que ya pasa a la Jelly Bean. El caso es adaptar las versiones, y teniendo en cuenta que ya tienen la 9 estable, es posible que pronto tengamos la JB cuando actualizen a la versión 10.
En cuanto a la diferencia de CM9 de cyanogenmod y CM9 de FXP, no lo aseguro porque no lo sé con seguridad, pero me supongo que será si no la misma algo parecido.