Si te pasa eso es que algo está fallando en la rom. Eso no puede ser, no es necesario tenerlo activado para tener privilegios root. Qué rom tienes??? Si tienes copia hecha con titanium yo la reinstalaría a ver qué pasa y sino pondría otra. De todas maneras, el modo depuración activado todo el tiempo no creo que sea ningún inconveniente