La base entre otras cosas trae modem y diversos controladores para el hardware. El sistema sí cambiará totalmente ya q los custom roms traen kernel y apps de sistema... pero q hay de la forma en q se administra el wifi, 3g, cámara, flash?
Intenta flashear cyanogenmod 7 partiendo de froyo y vaya sorpresa no te va a arrancar bien. Flashea un custom stock para gingerbread partiendo de base froyo y si logra flashearse bien vas a mentar madres cuando te empieze a dar SOD que fue corregido en gingerbread, pero como tu base es froyo... esta es la explicación simple, debe haber otros efectos, pero no dispongo de información tan técnica.