Supongo que se decantaron en portar antes JB al Nexus por el hecho de ser un terminal propio aunque lo haya fabricado Samsung, pero vamos... no te creas que nos vamos a quedar sin, de todos modos va fantásticamente bien con la 4.0.4 y de hecho tienes ya alguna revisión de JB por ahí para hacerla correr en el S3 por si quieres probarla, no se para cuando será tu cumpleaños pero igual para esa fecha ya hay versión oficial para nuestro cacharro.
Por supuesto yo me decantaría por el S3, yo estoy muy contento con el y he podido probar bastante el Nexus (lo tiene un compañero de trabajo), es un gran terminal, pero el S3 es claramente superior, solo hay que echar un ojo al hardware de uno y de otro.