Eso puede ser por que en el manifiesto has puesto como actividad principal las dos. Entonces te crea dos enlaces para poder ejecutar uno o otro independientemente de lo que haga cada activity
Si no quieres que eso pase quilate a una de las actividades (en el manifiesto) las lineas:
<intent-filter>
<action android:name="android.intent.action.MAIN" />
<category android:name="android.intent.category.LAUNCHER" />
</intent-filter>
Esto rara vez se utiliza pero hay casos en los que si depende la aplicación.
Suerte ;)