saludos amigo si tuve el mismo problema lo resolvi de la siguiente manera:
anda a configuracion del sistema > despues anda a idioma e introduccion > en el apartado de swiftkey 3 a lado te sale opciones> aqui escoge lenguajes y teclados > aqui sale una lista con todos los idiomas descargados me imagino que tienes ingles (predeterminado descargado) y el español si te fijas a lado del de ingles ay un teclado dale ahi y te varias opciones qwerty, azerty etc etc etc ahi busca qwerty(español) esscogelo y ya te aparece la ñ otra vez ojala me haya explicado bien.....