No cambia todas, yo no las seleccionaria todas, solo las que recomienda la aplicación, igual al tener permisos de superusuario flashea alguna mal y te hace un semi brick, por lo que tendrías que volver a flashear, pero si quieres probar ya sería un riesgo que correrías.
Edito: Confirmo, si flasheas todas las fuentes que permite Rom Toolbox (32 fuentes y se queda pegada en la veintipico), se quedará el Xperia en un bucle en la pantalla de inicio, por lo que he tenido que rootear y flashear de nuevo, ya de paso he aprovechado para meter la .453 Custom UK, no hay mal que por bien no venga.
Saludos.