si quieres una explicacion tecnica y detallada de lo que es un kernel aqui tienes:
http://es.wikipedia.org/wiki/N%C3%BA...m%C3%A1tica%29
pero vamos que para no liarnos mucho y en lo que a nosotros nos afecta , un kernel cargara el nucleo de arranque que contiene drivers necesarios para el hardware, y ademas, en los kernels modificados podemos ver como el rendimiento del microprocesador varia, tambien se cargan aplicaciones como superusuario,root y cwm para que tengamos acceso total a los arcxhivos del sistema.
el kernel fcroot de chainfire tiene de particular que no modifica nada del sistema,solo mete lo necesario para rotear el terminal.