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En tu caso lo más recomendable es que si quieres hacer algo que se ejecute al terminar el AsyncTask lo hagas en el onPostExecute del AsyncTask, que para eso está.
Los AsyncTask están pensados para tener una parte de su ejecución corriendo sobre el hilo principal, que de hecho es lo que hace el onProgressUpdate, así que eso de poner un join en el hilo principal para esperar a alguien que puede ser que ejecute algo en el hilo principal... malo malo.
Si quieres hacer algo a más bajo nivel tendrás que recurrir a los thread, y si quieres que el thread haga una determinada cosa en el hilo principal meterlo en un Handler, pero te repito lo mismo, no se como se comportará el sistema si le haces un join y de pronto quiere hacer algo en un Handler, yo pienso que se va a colgar.
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