Si eres root no puedes actualizar por kies por que este no te dejara al detectar que esta "tuneado" el móvil cambiar el SO, solo podrás por Odin.
De todas formas esos fallos son simplemente por culpa de la suciedad del USB (la prueba es que al limpiarlo se soluciono todo) si vuelve a pasar es por que se ha vuelto a ensuciar (cabe la posibilidad de rotura total de este pero es mas fácil lo que te ha pasado), la forma del movil obliga a juntar mucho la mano al USB al ponerlo en horizontal (en especial con los juegos o al usar el teclado virtual) con que te suden un pelin las manos ya se ensucia este, es otra cagada de samsung no poner una tapita al conector como otros modelos de este fabricante.
Si es cierto que con el tiempo acabara rompiéndose (el sudor por asi decirlo es "agua salada" y se oxidara a la larga) pero no es de un dia para otro (o eso creo).