Ok, vamos por partes, si la rom es una gingerbread, y es una .img, las herramientas de wendal la decomprime sin problemas en windows, o al menos a mi me ha funcionado con roms de bq, prestigio y mediacom, pero siempre las gingerbread, no te aconsejo que uses una maquina virtual, lo mejor es utilizar un linux "real" para las modificaciones, ahora, posiblemente la img que tratas de modificar sea un update y solo actualiza la carpeta bin y la carpeta app (por eso veas el zip), la herramienta de wendal deberia crearte 2 carpetas, una la Temp (dentro la carpeta images, que es donde estan los bin de la rom, y una system, con la particion system desempacada.
Ahora mismo acabo de desempacar mi rom con las herramientas y ha decomprimido perfectamente la .img de una pascal lite c.