Buenas,
Intente desde adb con el parted quitar la particion que se habia creado (veia que habia dos, una fat32 y una ext3). Cuando elimine las dos particiones y cree una nueva fat32 pense que todo estaria solucionado.
Equivodaco estaba :P, cuando el terminal arranco y despues del insertar el PIN, un bonito mensaje de Android decia que la encriptacion no se habia podido completar, que volviera a los datos de fabrica pulsando un boton. Si lo hacia, el terminal se reiniciaba, pero aparecia una Imagen de un Robot Android tirado en el suelo boca arriba con la tapa abierta y una seņal de Error.
Pense que se habia cargado el EFS... pero no, al final con volver a JVU todo volvio a la normalidad. Incluso con el reparticionado, la memoria interna volvio a funcionar.
La SD externa seguia estropeda pero curioso que en JVU el menu de montar tarjeta externar es mejor que el ICS y te da la opcion de REFORMATEAR con el sistema de ficheros que el entiende.
Ahora todo esta en su sitio de nuevo.
Gracias a los dos por los comentarios y espero que esto sirva para alguien mas.