Sobre lo de leer pendrives en formato ntfs he mirado en xda y parece ser que no los lee, en las asus transformer el driver para poder leer/escribir almacenamiento en formato ntfs lo ha implementado asus, pero aquí me temo que no hay soporte hasta que se curren algo en XDA....
Por aquí un forero de Xda que hizo varias pruebas:
http://forum.xda-developers.com/show...31&postcount=2
Y aquí el hilo completo donde tratan el tema de almacenamiento externo en el nexus 7:
http://forum.xda-developers.com/show...&highlight=usb
Parece ser que en ext3 y ext4 si que lee los archivos de audio y vídeo del pendrive y creo que soportan archivos de mas de 4gb, ahí podéis tener la solución para meter mkv......
Salu2