Buenas!
No todas las roms cocinadas pierden las aplicaciones nativas de Samsung.
Entre las cocinadas, que yo sepa, podemos distinguir dos tipos, las basadas en el la rom stock de Samsung y las basadas en el código Android. Así, las roms del primer grupo generalmente conservan las aplicaciones de Samsung, excepto que se borren de forma intencionada. En cambio, las roms basadas en el código de Android carecen de aplicaciones nativas de Samsung precisamente por eso, que no están basadas en las roms hechas por Samsung.
Espero haberte aclarado..Y perdón por el tocho..

Ah, y si alguien ve algún fallo, por favor que me corrija!!